与牙周病相关的微生物主要为革兰阴性的兼性厌氧菌和专性厌氧菌。微生物的直接致病作用主要包括以下几方面：
1）牙周定植、存活和繁殖：牙周致病菌须先选择性地黏附、定植于适当的宿主部位，如牙齿、牙周组织和已附着的菌斑团块表面，并在营养环境中生长繁殖，才能引起宿主组织破坏。
2）入侵宿主组织：细菌能侵入牙周组织，是牙周炎的一个重要致病机制。在牙龈炎、慢性牙周炎及侵袭性牙周炎等的牙周组织中发现入侵的细菌，包括球菌、短杆菌、梭杆菌、螺旋体和真菌等。实验研究证明伴放线放线杆菌、牙龈卟啉医学`教育网搜集整理单胞菌、具核梭杆菌及齿垢密螺旋体有直接入侵宿主组织细胞的能力。
3）抑制或逃避宿主防御机能。
4）损害宿主牙周组织：细菌的抗原成分、各种酶、毒素及代谢产物，可直接破坏牙周组织，或引起牙周组织局部的免疫和炎症反应，造成组织损伤。
