口腔黏膜具有的保护性功能主要体现在抵抗机械刺激和限制微生物和毒性物质的侵入。咀嚼期间口腔黏膜常常承受压力、切力、牵拉力和摩擦力。黏膜的结构适应于承受这些力医学教`育网搜集整理。例如硬腭和附着龈黏膜有角化层以抵抗摩擦，并且紧密附着于其下方的骨组织以抵抗切力和压力；颊黏膜易于活动并寓有弹性利于组织的扩展，从而可缓解牵拉力。口腔内有大量的微生物以及它们的毒性产物和其他潜在的有害物质，口腔黏膜上皮是限制它们进入机体的主要屏障。
口腔黏膜还有感觉功能，可对疼痛、触动和温度作出反应，还有特殊的感觉系统即味觉。在某些方面，感觉功能具有保护性，因为口腔黏膜的感受器能启动吞咽、恶心和流涎等反射。此外口腔黏膜还与唾液的分泌以及某些药物的渗透性吸收有关。
