在黏膜的白色条纹处，上皮为不全角化层，在黏膜发红部位，则上皮表层无角化，且结缔组织内血管可有扩张充血，一般棘层增生较多，也有少数棘层萎缩。上皮钉突显示不规则延长。少数上皮钉突下端变尖呈锯齿状。基底细胞层液化、变性，因此，基底细胞排列紊乱，基底膜界限不清，基底细胞液化明显者可形成上皮下疱。黏膜固有层有密集的淋巴细胞浸润带，其浸润范围一般不达到黏膜下层医学教`育网搜集整理。研究证实这些浸润的淋巴细胞主要是T细胞。在上皮的棘层、基底层或黏膜固有层可见圆形或卵圆形的胶样小体或称civatte小体，其直径平均为10μm左右，为均质性嗜酸性，PAS染色阳性呈玫瑰红色。这种小体可能是细胞凋亡（apoptosis）的一种产物。

　　电镜观察可见基底细胞内线粒体和粗面内质网肿胀，胞浆内出现空泡，严重者空泡多而大，结构消失。基底细胞和基膜间半桥粒数量减少，可见基膜增殖、断裂和脱位。在上皮内可见白细胞，且有变性现象。

　　长期以来认为口腔扁平苔鲜是一种良性病变。近年来有关其癌变的报告渐多，且众说纷纭：一种认为是癌前病变；另一种认为是癌前状态，不是癌前病变；第三种认为此病确使癌发生的危险增加，具有癌变潜能医学教`育网搜集整理。总之，综上所述口腔扁平苔藓确实存在潜在的恶性-且有组织病理学的形态变化，如上皮可出现不同程度的异常增生，因而并不是一种状态。对此病还应提高警惕，特别是对糜烂型、溃疡型以及萎缩型更应注意追踪观察。