本病为自身免疫性疾患，上皮细胞间的桥粒蛋白（属于细胞之间的粘连蛋白）为本病的抗原。机体对自身上皮棘细胞间物质产生抗体。大约40%以上的患者在病变活动期都可检测出自身循环抗体，主要为抗上皮细胞间桥粒蛋白抗体，其抗体滴度多随病情的进展和恶化而增高。近年研究表明。构成桥粒的蛋白质主要有两组，第一组为桥粒钙依赖性黏附蛋白，包括桥粒芯蛋白和桥粒胶蛋白，它们是一组跨膜蛋白，在黏膜上皮细胞间的黏附上起重要作用，像胶水一样将上皮细胞粘结在一起。另一组蛋白是位于细胞膜内侧构成附着斑的蛋白，功能是连接桥粒钙依赖性黏附蛋白和角蛋白丝医学教`育网搜集整理。桥粒对于维持上皮的完整性有重要作用。研究表明寻常性天疱疮的桥粒钙依赖性黏附蛋白中的桥粒芯蛋白3成为自身抗原，导致桥粒结构受到破坏，因而形成疱性病变。
