城镇医药卫生体制改革实行医药分开核算、分别管理主要内容如下：
探讨如何切断医疗机构和药品购销之间的直接经济利益联系的有效办法，一直以来都是重要和热门的论题。这些年来，医疗机构实行“医药分开核算、分别管理”，解决当前存在的“以药养医”问题，在逐步规范财政补助方式和调整医疗服务价格的基础上，对医院药品收入实行收支两条线管理，药品收支结余全部上缴卫生行政部门，纳入财政专户管理，合理返还，专款专用，主要用于弥补医疗成本以及社区卫生服务、预防保健等其他卫生事业。
近几年来，党中央、国务院三令五申要求要加强药品管理，保证人民用药安全、有效。药品管理包括对药品的研制、生产、流通和使用各个环节进行监管。加强药品管理，促进医药协调发展，切实保证人民用药安全有效，是党中央、国务院对医药卫生事业的期望，是党和政府关心人民群众健康的具体体现。
