春秋战国至秦汉时期，随着治病经验的积累，受当时经济、文化、哲学的影响，我国医学理论体系逐步形成，出现了《黄帝内经》、《难经》、《伤寒杂病论》等重要医学典籍。与此同时，药物知识更加丰富，药物理论初步形成，出现了专门记载药物的著作——本草，和通晓药物知识的专业人员。秦汉至魏晋南北朝是奠定中药学发展基础的重要时期，已有多种本草著作问世，其中影响最大的是《神农本草经》和《本草经集注》。

　　《神农本草经》（简称《本经》），作者不详，可能非一人一时之作，而是经历了较长时期的撰写、流传、补充、完善的过程，大约成书于东汉年间，是中国现存最早的一部本草。医`学教育网搜集整理该书先以“序例”简述了本草学基本理论，包括五味、四性、有毒无毒及随证的用药原则；药物配伍的“七情”；药物的剂型选择、服药法以及药物产地、采集等内容，初步奠定了药学理论的基础。继以上、中、下三品分类药物，“三品”是按药物的有毒与无毒、养生延年与祛邪治病的不同，对药物的粗略分类。该书共载药物365种，其中包括植物药252种，动物药67种，矿物药46种。每一药物记述了性味、有毒无毒、主治功用、别名、生境等。全书基本上分成了总论、各论两大部分。所收载的药物功用大多朴实有验，如常山截疟，黄连治痢，大黄泻下，麻黄平喘，当归调经，阿胶止血，人参补虚，乌头止痛，半夏止呕，茵陈退黄等。《本经》总结了汉以前的药学成就，奠定了中药学发展的基础，对后世本草学具有深远的影响。历史上影响较大的综合本草，都渊源于《本经》而有所发展。

　　《本经》原书早佚，现在见到的各种版本，均为明清以降本草学家根据《本草经集注》残卷、《新修本草》残写本及《证类本草》、《本草纲目》和其它著作中保存的《本经》文字辑复而成。最早辑复者为南宋王炎《本草正经》，已失传。现存十多种辑复本中流传较广者有二孙本（清？孙星衍、孙冯翼辑）、顾本（清？顾观光辑）、森本（日本森立之辑）。历代医家除了辑复《本经》外，并作了大量的考证、校勘、注释和发挥，形成了为数众多的《本经》系统本草。其中影响较大的有：明？缪希雍《本草经疏》，清？徐大椿《神农本草经百种录》，清？陈念祖《神农本草经读》，清？邹澍《本经疏证》等。近年则有尚志钧、王筠默、马继兴、曹元宇等的辑复、校注本出版。

　　《本草经集注》作者陶弘景，为南北朝时期著名的学问家、道教人物，晚年隐居茅山，时人敬为“山中宰相”。《本草经集注》以陶弘景整理、订正的《本经》365种药物为基础，并增补“名医副品”365种，加上陶弘景本人的注解和评议而成。“名医副品”又称“名医别录”，为陶弘景收集、整理汉代、魏晋诸名医在多种《本经》传本中新增补的药物资料撰写而成。陶弘景在撰写《本草经集注》时，把辑入该书的、除《本经》以外的有关资料称为“名医副品”，待该书撰成后，将这些新增补的资料全面汇集成书时则称《名医别录》。《本草经集注》共三卷，分上、中、下三品收载药物，一般称730种（实际当在此数以上），除补充、订正《本经》365种外，其余均为新增。记述药物的内容比较广泛，除正名、性味、有毒无毒、主治、别名外，还记有产地、生境、采制等，少数药物简述药材性状或用法。对药物性味、主治的记载更切合实际，还最早在药物条目中记载了方剂，有较高的临床实用价值。全书分序例和药物两部分。序例注释了《本经》的序例，并增补了许多药物采收、鉴别、炮制和配制方法、诸病通用药等，大大增强了对临床用药的指导意义。首创药物自然属性分类法，将药物分为玉石、草木、虫兽、果、菜、米食及有名未用7类，各类仍依《本经》分为上、中、下三品。而诸病通用药按所治81个病症列举药物，实际上是对上述分类的补充，对药物的功效分类方法有重要意义。陶弘景把《本经》和“名医副品”的药物条文放在同等重要的地位，并以朱、墨分写，朱写《本经》文，墨写“名医副品”文，仅以小字注文补充作者增添的内容。这种朱墨分书、大小结合的编写方式在综合本草中一直延续到明代。它使有关本草文献得以保持原貌。《本草经集注》较全面地搜集、整理了古代药物学的各种知识，条理分明、考订严密，是汉魏以来本草学的一次较为全面的总结，并且标志着综合本草模式的初步确立，对本草学的发展影响很大。

　　《本草经集注》原书已佚，仅存残卷。今人尚志钧根据残存及《证类本草》、《本草纲目》等辑复。

　　秦汉至南北朝时期，我国医学理论体系形成，与之相应，本草出现，并为药学的发展奠定了基础。《神农本草经》为现存最早的药学专著，已具备了综合本草的雏形；《本草经集注》补充、发展，确立了较为完善的综合本草模式。至此，本草学从基本理论、药物分类和药物知识内容均有了一定规模，初步形成体系，为本草学的发展充实打下了基础，对后世影响极大。同期的其他本草，如淳于意《药论》、《胎胪药录》、《李当之本草》、《李当之药录》、《吴普本草》、《药对》等逐渐湮没。

　　这一时期生产技术的发展带动了制药技术的进步。南朝刘宋时期雷敩著《炮炙论》，叙述药物通过适宜的炮制，可以提高药效，减轻毒性或烈性，系统总结了药物的加工炮制技术，收录了300种药物的炮制方法，后世所称炮制十七法，渊源于此。该书是我国第一部炮制专著，也标志着本草学新分支学科的产生。

　　制药化学，随着炼丹术的盛行，其发展引人注目。东晋炼丹家葛洪所著《抱朴子》对炼丹的方法与所取得的成果作了全面、系统的阐述，对硫、铅、雄黄、丹砂、硝石作了认真的研究，不仅展示了许多化学反应，也介绍了烧灼、升华、结晶、蒸馏、水浴等操作技术。后来的陶弘景也精通炼丹术，并有许多专著。有许多炼丹术的成果反映在本草学中，一些药物如铅膏药、丹药来源于炼丹术。中国古代炼丹术成为现代制药化学的先驱。