自多潘立酮问世以来，已有多种作用于靶器官以及靶点的动力剂问世，但大多由于不良事件而相继退市。如何正确采用药物治疗功能性胃肠病（FGIDs），是临床医生们面临的严峻问题。
选择适合的药物
正常胃肠运动和感知是在中枢神经系统调控下，由交感和副交感神经系统、脑-肠轴、平滑肌细胞相互协调来维持。消化道动力低下与兴奋性神经递质，如5-羟色胺（5-HT）等释放不足、神经传导物改变、神经传导抑制因子异常及下传抑制通路中间神经元递质的改变相关。
治疗FGIDs药物可分为两类：
① 改善胃肠动力药，如多巴胺抑制剂、胃动素激动剂、Ca2+阻滞剂、5-HT4相关制剂、胆囊收缩素（CCK）拮抗剂、阿片激动剂等；
② 作用于脑-肠轴，调节内脏敏感性的药物，如5-HT相关制剂、促肾上腺皮质激素释放因子拮抗剂、速激肽受体抑制剂、生长抑素受体激动剂、三环类抗抑郁药、选择性5-HT再摄取抑制剂等。
在临床上，应按患者症状，分析可能的神经病理生理机制，选择作用于靶点的药物。美国胃肠病学家Owyang的胃轻瘫药物治疗推荐方案，为我们提出了很好的模式。
正确评价药物疗效及安全性
由于FGIDs模式不固定、症状重叠、具波动性、发病机制多因素性以及安慰剂效应的影响，目前对药物疗效评估的偏差性还较大。
罗马Ⅲ标准对治疗FGIDs药物临床试验有明确要求，即采用高水准的平行、随机、双盲、单一治疗、安慰剂对照并严格设计的不良反应观察。尽管如此，仍有一些已上市且临床证实疗效的药物，由于不良反应而退市，如5-HT3受体拮抗剂阿洛司琼。虽然2005年制药公司对安全标示修改后，盐酸阿洛司琼片再次获得批准重新使用，但仍应注意其潜在的便秘和缺血性肠炎的危险。
此外，类似的药物还有普卡必利、西沙必利与替加色罗。替加色罗于2002年上市，在55个国家得到批准，用于治疗女性便秘型肠易激综合征，但终因心血管不良事件退市。因此，临床医师在选择治疗FGIDs药物时须仔细阅读药物说明书，注意其药物配伍禁忌和不良反应，特别是对高龄患者，更应注意其潜在的心血管疾病的危险性。
避免滥用精神心理调节药物
虽然精神心理因素是FGIDs发病的重要诱发因素，直接影响患者的医疗行为、生活质量和药物疗效，但它不是罗马标准诊断所必需的。FGIDs是独立的疾病，有别于精神心理疾患，因此，不能对这类患者滥用抗抑郁和抗焦虑药，应严格掌握适应证。对于有明显抑郁、焦虑障碍的FGIDs患者，开展认知行为治疗也很重要，必要时可请精神心理专科医师会诊。
处理难治性FGIDs
首先应分析诊断是否正确，是否有隐患；检查治疗措施是否得当；药物选择是否具有靶向性；更重要的是建立良好的医患关系，相互信任，以便进行整体调节和个体化治疗。
