1.苯醌类：辅酶Q类，属于对苯醌，能参与生物体内的氧化还原反应过程，其中辅酶Q10已经用于治疗高血压、心脏病及癌症。维生素K1也属于苯醌类药。
2.萘醌类：中药紫草和软紫草中的有效成分为紫草素及异紫草素衍生物，具有止血、抗感染、抗菌、抗癌及抗病毒等作用。
3.菲醌类：丹参根中分离出的菲醌衍生物，属于对菲醌型的如丹参新醌甲、乙、丙等。丹参醌类成分具有抗菌及扩张冠状动脉的作用。由丹参醌ⅡA磺酸钠注射液已应用于临床，医学教育`网搜集整理用于治疗冠心病、心肌梗死。
4.蒽醌类：包括羟基蒽醌衍生物及其不同还原程度的产物，蒽酚、蒽酮及蒽酮二聚体等。
（1）羟基蒽醌类：可以游离形式或与糖结合成苷的形式存在于植物体内。如大黄中的有效成分大黄素、大黄酸、大黄酚、大黄素甲醚、芦荟大黄素均属于这一类型，对多种细菌具有抗菌作用。
（2）蒽酚或蒽酮类：蒽醌在酸性下易被还原成蒽酚及其互变异构体蒽酮。该类物质主要存在新鲜植物中，长时间贮存后被氧化成蒽醌类成分。蒽酮类成分芦荟苷属于碳苷类化合物。
（3）二蒽酮类：可看成是两分子蒽酮在C10-C10位或其他位脱氢而形成的化合物。如二蒽酮类成分番泻苷A、B、C、D等为大黄及番泻叶中致泻的有效成分。
