种皮显微特征在种子类药材鉴别上特别重要，胚乳和胚常少具或不具鉴别价值。
1、种皮——通常具1层种皮（大豆、南瓜），也有2层种皮即外种皮和内种皮（蓖麻、芥菜、芸苔、三色堇）。种皮可是干性的（豆类），也可是肉质的（石榴）。
①表皮——位于种皮最外层，通常1层薄壁cell组成，也有为石细胞。
②栅状细胞层——有的种子，在表皮内侧，有栅栏细胞层，由1或2-3列狭长细胞组成。
③油cell层——有的种子表皮层下方，有数列内贮挥发油的细胞组成，有时常与色素cell相间排列在一起。
④色素层——有的种皮表皮层含色素物质，有的种子在表皮层下方，具有1-数列内含色素的细胞层。
⑤厚壁细胞层——有的种子表皮内层几乎全为石细胞组成，如栝楼属植物，或内种皮为石细胞层（如姜科植物的白豆蔻、阳春砂、草果等）。
2、胚乳——由薄壁cell或厚壁性细胞组成。胚乳细胞常含大量的淀粉粒、糊粉粒、脂肪油等营养物质。
3、胚——是种子内未发育的幼小植物体，子叶细胞为类圆形或多面体，常具细胞间隙，外层表皮细胞具1极薄的角质层，常无气孔分布，有的植物在子叶的组织中还含有分泌腔和草酸钙簇晶。
