中药鉴定学—药用植物学是学习中药鉴定学的一门重要专业基础课。中药鉴定学一般从四个方面对药材进行鉴定，即原植物鉴定、性状鉴定、显微鉴定、理化鉴定，其中前三项鉴定必需具有植物形态、分类和植物解剖学等方面的基础理论知识和技能。
中药化学—中药化学与药用植物学的关系也比较密切。药用植物之所以有一定的疗效，就是因为含有能防治疾病的有效化学成分。中药品种复杂，植物种类不同，其所含成分就不相同医学教育|网搜集整理。另外，植物的化学成分与植物的亲缘关系之间有着一定的联系，亲缘关系相近的种类往往含有相同的化学成分，因此就可以利用某些化学成分分布在某些科属植物中这一规律去研究药用植物，寻找新的药用植物。探索各植物类群所含化学成分，探索化学成分在植物分类系统中的分布规律及生物合成途径，配合经典分类学及其他相关学科，从植物化学角度进一步阐述植物分类和系统发育，已成为一项新的科研课题。
中药学—药用植物学与中药学关系密切。用药要取得良好疗效首先要求所用药物是正品或主流品种。
此外，与中药资源学和药用植物栽培学的关系也比较密切。
