徐州医学院药学院由1997年学校开办的江苏省首家临床药学专业方向发展而来，2001年成立临床药学系，2005年更名为药学系，2008年正式更名为药学院。现拥有药学、临床药学、药物制剂3个本科专业，已培养药学类专业人才1000余人。2008年，药学本科专业成为国家特色专业建设点和江苏省特色专业。2012年，药学院的药学、临床药学、药物制剂3个本科专业组成的药学类专业获批成为江苏省“十二五”重点专业类。现有江苏省药学基础课实验教学示范中心和江苏省药学实践教育中心。2010年，药学一级学科获得硕士学位授予权，目前药理学、药物化学、药物分析学、药剂学和临床药学5个二级学科招收硕士研究生，同年，糖尿病并发症的药物防治成为江苏省优势学科生物学的主要研究方向之一。目前在校生1000余人。

药学院设有药理学、临床药理学、药物分析学、药物化学、中药学、药剂学6个教研室和1个药学实验中心。现有教职工69人，其中专任教师46人。教师队伍中具有博士学位28人、在读博士学位4人，占60.87%.现有江苏省“333”工程二层次培养对象1人，三层次培养对象2人，江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人2人次，江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师5人次。

药学院有进站博士后研究人员4名，与南京医科大学联合培养博士研究生3名医学教育网编辑整|理。近三年来获国家自然科学基金13项，江苏省自然科学基金7项，江苏省高校自然科学基金14项；近3年来发表科研论文130余篇，其中SCI、EI收录51篇，获得市厅级及以上科技进步奖9项，获得或申请专利10余项，科研成果转让4项。

在教学成果方面，《医药兼备的临床药学人才培养模式的探索与实践》荣获江苏省高等教育教学成果二等奖，《生物药剂学与药物动力学》成为“十二五”国家级规划教材和省级精品教材，《临床药理学》成为江苏省级精品课程，《药学概论》成为江苏省研究生优秀课程。药学教学实验中心被评为江苏省高校基础课实验教学示范中心。

近年来，药学院在校企联合和成果转化方面已形成自己鲜明的特色，分别与江苏恩华药业股份有限公司、江苏万邦生化医药股份有限公司等企业签订了全面合作框架协议，合作领域涉及医药研发、成果转化、专业奖学金、联合共建实验室等；与徐州市化工所联合共建了校企合作实验室，并已成为江苏省麻醉学重点实验室的重要组成部分。

药学院始终发扬“敢想、敢为、创业、创新”的精神，致力于人才培养、科学研究及社会服务。以“以人为本，药学服务”的现代药学教育理念为先导，以教学改革、科学研究为重点，力争把药学院建设成为立足苏北、服务江苏、辐射全国的具有鲜明特色的药学人才培养基地和科研服务平台。