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溃疡性结肠炎的病因至今仍不明。基因因素可能具有一定地位。心理因素在疾病恶化中具有重要地位，原来存在的病态精神如抑郁或社会距离在结肠切除术后明显改善。有认为溃疡性结肠炎是一种自身免疫性疾病。
目前认为炎性肠病的发病是外源物质引起宿主反应、基因遗传和免疫失衡三者相互作用的结果。根据这一见解，溃疡性结肠炎与克隆病是一个疾病过程的不同表现。
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