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雷公藤及其制剂，其临床应用的主要不良反应表现在消化、生殖泌尿、造血、心血管、神经系统及皮肤粘膜损害。
雷公藤对造血系统的影响主要表现在一过性的白细胞、红细胞、粒细胞的减少，这与雷公藤导致的骨髓抑制和慢性肾功衰有一定关系，停药后亦可能恢复。
雷公藤对肝脏有一定的伤害，大多数是用药后出现转氨酶升高，停药后亦可恢复。
消化系统的不良反应是最常见的，不同制剂发生率从5%到78%，其表现主要是食欲不振、上腹不适以及恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。发生这些反应的原因是由于制剂中含有的二内酯、生物碱以及树脂类物质对胃粘膜的刺激所致，严重者会出现消化道出血，还可能导致顽固性呕吐、伪膜性肠炎以及溃疡性结肠炎。
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