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氢键属不属于于分子间作用力，取决于对“分子间作用力”的定义。按照广义范德华力定义【引力常数项可将各种极化能（偶极、诱导和氢键能）归并为一项来计算】，氢键属于分子间作用力。按照传统定义：分子间作用力定义为：“分子的永久偶极和瞬间偶极引起的弱静电相互作用”那么氢键不属于（因为氢键至少包含四种相互作用，只有三种与分子间作用力有交集，但还存在最高被占用轨道与另一分子最低空余轨道发生轨道重叠）。
氢键即可以存在与分子内也可以存在于分子间。其次，氢键与分子间作用力的量子力学计算方法也是不一样的。另外，氢键具有较高的选择性，不严格的饱和性和方向性；而分子间作用力不具有。在“折叠体化学”中，多氢键具有协同作用，诱导线性分子螺旋，而分子间作用力不具有协同效应。超强氢键具有类似共价键本质，在学术上有争议，必须和分子间作用力加以区分。
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