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根据不同品种，采用不同的方法进行加工处理后，再置于温度、湿度适宜的环境下进行发酵。常用的方法有药料与面粉混合发酵，如六神曲、建曲、半夏曲、沉香曲等。另一类是直接用药料进行发酵，如淡豆豉、百药煎等。一般发酵最佳温度以30～37℃为宜，相对温度控制在70%～80%为宜。混和发酵时，经验认为，以“握之成团，指间可见水迹，放下轻击则碎”为宜。
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