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1.蒽醌苷与游离蒽醌的分离
利用蒽醌苷类与游离蒽醌衍生物的极性差别较大，在有机溶剂中的溶解度不同进行分离。
（注意：羟基蒽醌需先加酸酸化使之全部游离后，再进行提取分离。）
2.游离蒽醌的分离
（1）pH梯度萃取法
依据酸性强弱顺序。
（2）色谱法
常用的吸附剂主要是硅胶，一般不用氧化铝。
3.蒽醌苷的分离
（1）溶剂法：
乙酸乙酯、正丁醇 → 将蒽醌苷与水溶性杂质分离。
（2）色谱法
硅胶柱色谱、葡聚糖凝胶柱色谱和反相硅胶柱色谱等。
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