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（1）互变异构：季铵式、醛式和醇式，以季铵式最稳定 ，碱性最强。
（2）碱性：季铵型，为强碱。小檗碱属季铵碱，pKa=11.5.
（3）溶解性：游离小檗碱易溶于热水、热乙醇，冷水中溶解度不大，难溶于苯、三氯甲烷、丙酮等有机溶剂。小檗碱的盐酸盐微溶于冷水，易溶于沸水，难溶于乙醇。
小檗碱和有机酸形成的盐在水中的溶解度很小。如与甘草酸和大黄鞣质、黄芩苷生成难溶于水的分子复合物。
（4）检识反应
①丙酮加成：盐酸小檗碱水溶液中加入氢氧化钠使之呈强碱性，后又滴加数滴丙酮，生产黄色结晶性小檗碱丙酮加成物，具一定熔点，可供鉴别。
②漂白粉：在小檗碱酸水液中，加入漂白粉（或通氯气）适量，颜色由黄色变为樱红色（巴马汀也显阳性）。
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