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1、芳香族有机酸
羟基桂皮酸衍生物：对羟基桂皮酸、咖啡酸、阿魏酸和芥子酸，基本结构为苯丙酸。如3-咖啡酰奎宁酸（又称绿原酸，咖啡酸与奎宁酸结合）和3，4-二咖啡酰奎宁酸是茵陈利胆有效成分及金银花抗菌有效成分
有少部分芳香族有机酸具较强的毒性，如马兜铃酸，其有较强的肾毒性，易导致肾功能衰竭。中药马兜铃、关木通、广防己、细辛、天仙藤、青木香、寻骨风等均含有马兜铃酸。其中关木通、广防己、青木香取消中药药用标准。
2、脂肪族有机酸：脂肪酸普遍存在于植物界中，如柠檬酸、苹果酸、酒石酸、琥珀酸等广泛存在于中药中。
3、萜类有机酸：如甘草次酸、齐墩果酸等均属于萜类化合物。
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