核心蛋白及多糖组成的亚单位可分为三区：
（1）N-端区：包括球状连接区，含有较少的寡糖链。
（2）富含寡糖区：为硫酸角质素寡糖链的主要附着区。寡糖链共价连接于核心蛋白分子中丝氨酸和苏氨酸残基侧链氧原子上。
（3）C－末端区：富含硫酸软骨素。医学教|育网搜集整理通过半乳糖半乳糖木糖三糖连接于核心蛋白的丝氨酸残基。
蛋白多糖的透明质酸主链长度为4000～40，000，可附着上百个核心蛋白，每条核心蛋白可结合50条硫酸角质素链和100条硫酸软骨素链，由此可见蛋白多糖分子巨大，分子量可高达数千万。
