在有氧氧化过程中，丙酮酸通过特定的转运蛋白进入线粒体。当细胞进行糖酵解时，葡萄糖被分解成两个丙酮酸分子。这个过程发生在细胞质中。随后，这些丙酮酸需要穿过线粒体的内外膜才能在线粒体内完成进一步的代谢。
丙酮酸进入线粒体的过程是由一种称为丙酮酸转运蛋白（Pyruvate Carrier, PC）介导的。这种转运蛋白位于线粒体内膜上，能够特异性地识别并结合丙酮酸分子，然后通过构象变化将丙酮酸从细胞质一侧运输到线粒体基质中。
一旦进入线粒体基质，丙酮酸会在丙酮酸脱氢酶复合体的作用下被氧化生成乙酰辅酶A。这个过程伴随着NAD 的还原形成NADH和二氧化碳的释放。接着，乙酰辅酶A进入三羧酸循环（TCA循环或柠檬酸循环），继续进行有氧代谢，产生大量的ATP以供细胞使用。
丙酮酸的这种转运机制保证了其能够有效地从细胞质运输到线粒体内部，从而确保有氧氧化过程顺利进行。
