红霉素和阿奇霉素都是大环内酯类抗生素，它们通过抑制细菌蛋白质合成来发挥抗菌作用。但是两者之间存在一些主要的区别：
1. 化学结构：阿奇霉素是红霉素的衍生物，在化学结构上进行了改造，使其具有更好的组织渗透性和更长的半衰期。
2. 药代动力学特性：阿奇霉素的半衰期比红霉素长得多，这意味着它在体内停留的时间更长，因此每日给药次数可以减少。同时，阿奇霉素能更好地穿透细胞膜进入细胞内，对某些胞内感染有较好的疗效。
3. 抗菌谱：虽然两者都主要针对革兰氏阳性菌和部分革兰氏阴性菌以及非典型病原体（如支原体、衣原体等）有效，但阿奇霉素对抗一些特定的细菌种类如嗜肺军团菌等方面表现得更好。
4. 不良反应：相对而言，阿奇霉素引起的胃肠道不适等不良反应较轻，而红霉素可能导致较为明显的胃肠道刺激症状。
5. 适应症：在临床上，这两种药物虽然可以用于治疗类似的疾病，但根据它们各自的特点，在具体应用时可能会有所偏好。例如，对于社区获得性肺炎、皮肤软组织感染等情况，医生可能更倾向于选择阿奇霉素作为一线用药。

总之，尽管红霉素和阿奇霉素同属大环内酯类抗生素家族，但在实际使用中需要考虑其各自的特性和适应症来决定最佳治疗方案。