药物代谢的主要器官是肝脏。肝脏在人体中扮演着重要角色，它不仅负责解毒，还参与了多种物质的合成与转化过程。当药物进入体内后，大部分都会经过肝脏进行处理，这个过程称为首过效应。通过肝细胞中的酶系统对药物分子进行化学修饰，使其水溶性增加、极性增强或活性降低，从而便于从尿液中排出体外。

药物代谢途径主要包括以下几种：
1. 氧化反应：这是最常见的代谢方式之一，主要由肝脏微粒体内的细胞色素P450酶系催化。该过程可以将药物分子中的某些基团氧化成羟基、羧基等极性更强的官能团。
2. 还原反应：与氧化相反，还原作用是将化合物中的氧原子除去或氢原子加到特定位置上，以改变其化学性质。
3. 水解反应：通过水分子的作用使药物分子分解成两个较小的部分，通常发生在酯键和酰胺键处。
4. 结合反应：这是第二阶段的代谢过程。在第一阶段中形成的极性较高的中间产物与体内某些内源性物质（如葡萄糖醛酸、硫酸盐等）结合形成更大更易排出体外的复合物。

除了肝脏之外，其他器官如肾脏、肠道微生物群落也能参与药物的部分代谢工作，但其作用相对较小。了解这些基本知识对于药师来说是非常重要的，因为这有助于预测药物在人体内的行为模式及其可能产生的副作用。