在众多常用的抗生素类别中，硝基咪唑类药物如甲硝唑（Metronidazole）和替硝唑（Tinidazole），以及某些大环内酯类药物对厌氧菌具有较好的抗菌效果。但最常用于治疗厌氧菌感染的是硝基咪唑类。
硝基咪唑类抗生素是目前临床上使用最为广泛的一线抗厌氧菌药物，其机制主要是通过进入细菌体内后，在无氧条件下被还原成活性形式，与DNA发生作用导致其双链断裂，从而抑制或杀死细菌。这类药物对多数革兰氏阳性及阴性厌氧菌均有较强的抗菌活性，包括拟杆菌属、梭状芽胞杆菌属等常见致病厌氧菌。
此外，克林霉素（Clindamycin）作为一种林可胺类抗生素，也具有良好的抗厌氧菌作用。它主要通过抑制细菌蛋白质合成来发挥其抗菌效果，对多种厌氧菌有较强的敏感性。然而，在使用时需要注意其可能引起的肠道菌群失调问题。
在具体选择药物时，应根据患者的具体病情、感染部位以及病原体的种类和药敏试验结果综合考虑，必要时可联合应用其他抗生素以提高疗效并减少耐药性的产生。同时，用药过程中要密切关注患者的不良反应，并定期监测相关指标。
