分枝杆菌与芽孢杆菌在多个方面存在明显区别。

从形态结构上看，分枝杆菌是一类细长略弯曲的杆菌，有时有分枝生长的趋势，细胞壁含有大量脂质，这使得其不易被一般染料染色，需用抗酸染色法染色，染色后呈红色。而芽孢杆菌是呈直杆状的细菌，常以成对或链状排列，其重要特征是能产生芽孢，芽孢具有厚而致密的壁，折光性强，不易着色。

在培养特性方面，分枝杆菌营养要求较高，生长缓慢，例如结核分枝杆菌培养需要含血清、卵黄、马铃薯、甘油以及某些无机盐类的特殊培养基，且生长时间较长，一般需要2 - 4周才可见到菌落。芽孢杆菌营养要求不高，在普通培养基上即可生长，生长速度相对较快，一般在18 - 24小时就能形成可见菌落。

从致病性来讲，分枝杆菌中的结核分枝杆菌可引起结核病，这是一种慢性传染病，可侵犯全身各器官，以肺结核最为常见；麻风分枝杆菌则会导致麻风病。芽孢杆菌中部分菌株如炭疽芽孢杆菌可引起炭疽病，是一种人畜共患的急性传染病，但也有一些芽孢杆菌是非致病菌，甚至在工业、农业等领域有应用。

在抵抗力方面，分枝杆菌对干燥、酸碱和某些消毒剂有较强抵抗力，但对湿热、紫外线、酒精敏感。芽孢杆菌的芽孢具有很强的抵抗力，能耐受高温、干燥、辐射和化学消毒剂等不良环境，在自然界中可存活数年甚至数十年。

综上所述，分枝杆菌和芽孢杆菌在形态结构、培养特性、致病性和抵抗力等方面都有显著差异。