无菌制剂常用的灭菌方法较多，主要可分为物理灭菌法、化学灭菌法和无菌操作法。

物理灭菌法是利用物理因素如温度、射线、过滤等达到灭菌目的。其中湿热灭菌法最为常用，它是利用饱和蒸汽、沸水或流通蒸汽进行灭菌。比如热压灭菌法，是在密闭的高压灭菌器内，利用高压蒸汽杀灭微生物，能杀灭所有细菌繁殖体和芽孢，适用于耐高温和耐高压蒸汽的所有药物制剂、玻璃容器、金属容器等。干热灭菌法是利用火焰、干热空气进行灭菌，像火焰灭菌法，直接在火焰中灼烧，适用于耐火焰材质的物品，如金属、玻璃及瓷器等；干热空气灭菌法，在高温干热空气中灭菌，常用于耐高温的玻璃和金属制品等。射线灭菌法包括紫外线灭菌法，一般用于空气、表面灭菌；辐射灭菌法，利用γ射线等高能射线，穿透力强，可用于不耐热药物的灭菌；微波灭菌法，利用微波产生的热效应和非热效应杀灭微生物，适用于水性注射液的灭菌。过滤除菌法是用过滤的方法除去活的或死的微生物，主要用于对热不稳定的药物溶液、气体、水等的除菌。

化学灭菌法是使用化学药品来杀灭微生物。气体灭菌法常用环氧乙烷、甲醛等气体，通过与菌体蛋白、核酸和酶发生反应而杀灭微生物，适用于环境消毒以及不耐加热灭菌的医用器具、设备等。药液灭菌法是采用杀菌剂溶液进行消毒，如75%乙醇、新洁尔灭溶液等，常用于皮肤、无菌器具和设备的消毒。

无菌操作法是整个过程在无菌条件下进行，适用于一些不耐热药物的注射剂、眼用制剂等的制备，可在无菌操作室或层流洁净工作台内进行。这些灭菌方法各有特点和适用范围，在实际生产中需根据药物性质、剂型等因素合理选择。