氨基糖苷类和大环内酯类是两类不同的抗生素，它们在作用方面存在多方面的区别。

首先，作用机制不同。氨基糖苷类抗生素主要是作用于细菌的核糖体30S亚基，抑制细菌蛋白质的合成。它能阻止氨酰 -tRNA在A位的正确定位，干扰功能性核糖体的组装，还能造成已合成的肽链脱落。并且氨基糖苷类对蛋白质合成的起始、延伸和终止三个阶段均有影响，是一类具有杀菌作用的抗生素。而大环内酯类抗生素主要作用于细菌核糖体50S亚基，通过阻断转肽作用和mRNA位移，选择性抑制细菌蛋白质的合成，属于抑菌剂，但在高浓度时对某些细菌也有杀菌作用。

其次，抗菌谱有差异。氨基糖苷类对需氧革兰阴性杆菌有强大的抗菌活性，如大肠埃希菌、克雷伯菌属、肠杆菌属等，对铜绿假单胞菌也有较好的抗菌作用，对革兰阳性菌作用相对较弱。部分氨基糖苷类如链霉素对结核分枝杆菌有效。大环内酯类主要对革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌、链球菌等有较强的抗菌作用，对部分革兰阴性菌如脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌等也有一定作用，此外，对支原体、衣原体、军团菌等非典型病原体有良好的抗菌活性。

再者，不良反应方面也有所不同。氨基糖苷类的主要不良反应包括耳毒性，可引起前庭功能失调和耳蜗神经损害；肾毒性，可导致肾小管肿胀、坏死；神经肌肉阻滞作用，可引起心肌抑制、血压下降、肢体瘫痪和呼吸衰竭等；还可能出现过敏反应。大环内酯类的不良反应相对较轻，主要是胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等，也可能有肝毒性、耳毒性等，但发生率相对氨基糖苷类较低。

在临床应用上，氨基糖苷类常用于治疗需氧革兰阴性杆菌所致的严重感染，如败血症、肺炎、脑膜炎等，常与其他抗生素联合使用。大环内酯类可用于治疗呼吸道感染、皮肤软组织感染，尤其适用于对青霉素过敏患者的替代治疗，以及支原体、衣原体等非典型病原体引起的感染。