氨基糖苷类抗生素是临床上常用的一类抗生素，但其存在多种不良反应，主要包括以下几个方面：

耳毒性是氨基糖苷类较为常见且严重的不良反应之一。它可分为前庭功能失调和耳蜗神经损害。前庭功能失调表现为眩晕、恶心、呕吐、眼球震颤和平衡障碍等，其发生率依次为新霉素＞卡那霉素＞链霉素＞西索米星＞庆大霉素＞妥布霉素＞奈替米星。耳蜗神经损害则会导致耳鸣、听力减退甚至永久性耳聋，发生率依次为新霉素＞卡那霉素＞阿米卡星＞西索米星＞庆大霉素＞妥布霉素＞链霉素。这是因为药物在内耳淋巴液中浓度较高，可损害内耳柯蒂器内、外毛细胞的能量产生及利用，引起细胞膜上Na -K -ATP酶功能障碍，造成毛细胞损伤。

肾毒性也是氨基糖苷类常见的不良反应。该类药物主要经肾排泄并在肾皮质内蓄积，可损害近曲小管上皮细胞。患者通常表现为蛋白尿、管型尿、血尿等，严重时可产生氮质血症和导致肾功能减退。其发生率依次为新霉素＞卡那霉素＞庆大霉素＞妥布霉素＞阿米卡星＞奈替米星＞链霉素。这是由于药物与肾组织亲和力高，大量积聚在肾皮质和髓质，可降低细胞膜上磷脂酶C的活性，使磷脂在溶酶体内蓄积，造成溶酶体破裂，大量溶酶体酶和氨基糖苷类进入胞质，引起线粒体损害，影响ATP产生，最终导致肾小管上皮细胞死亡。

神经肌肉阻滞作用也不容忽视。该作用可引起心肌抑制、血压下降、肢体瘫痪和呼吸衰竭。最常见于大剂量腹膜内或胸膜内应用后，也偶见于肌内或静脉注射后。其机制是药物能与突触前膜钙结合部位结合，阻止乙酰胆碱释放，从而阻断神经肌肉接头处传递。不同氨基糖苷类引起神经肌肉麻痹的严重程度顺序依次为新霉素＞链霉素＞卡那霉素＞奈替米星＞阿米卡星＞庆大霉素＞妥布霉素。

此外，氨基糖苷类还可能引起过敏反应，可表现为皮疹、发热、血管神经性水肿、口周发麻等，也可能出现过敏性休克，尤其是链霉素，其过敏性休克发生率仅次于青霉素，但死亡率较高。