天然药物化学成分可以从不同角度进行分类，以下是几种常见的分类方式：

按化学结构分类是较为常见的一种。其中，糖类是一大类，包括单糖、低聚糖和多糖。单糖如葡萄糖、果糖等，是构成其他糖类的基本单位；低聚糖由几个单糖通过糖苷键连接而成，如蔗糖、麦芽糖；多糖则是由多个单糖聚合而成，如淀粉、纤维素等。

苷类也是重要的一类，它是糖或糖的衍生物与另一非糖物质通过糖的端基碳原子连接而成的化合物。根据苷元的结构类型，可分为黄酮苷、蒽醌苷、强心苷等。黄酮苷具有抗氧化、抗炎等多种生物活性；强心苷则对心脏有显著的生理作用。

醌类化合物包括苯醌、萘醌、菲醌和蒽醌等。它们在植物中广泛存在，具有抗菌、抗肿瘤等活性。例如，大黄中的蒽醌类成分具有泻下作用。

萜类化合物根据异戊二烯单位的数目可分为单萜、倍半萜、二萜等。单萜如薄荷醇，具有清凉止痒的作用；二萜类的紫杉醇是一种重要的抗癌药物。

甾体类化合物包括强心苷、甾体皂苷、胆汁酸等。强心苷能增强心肌收缩力，甾体皂苷具有降血脂、抗菌等作用。

生物碱是一类含氮的有机化合物，具有显著的生物活性。如麻黄中的麻黄碱具有平喘作用，黄连中的小檗碱有抗菌消炎的功效。

此外，还可以按溶解性分类，分为水溶性成分和脂溶性成分。水溶性成分如糖类、氨基酸、无机盐等；脂溶性成分如油脂、挥发油、甾体等。按生物合成途径分类，可分为一次代谢产物和二次代谢产物。一次代谢产物是维持植物生命活动所必需的物质，如糖类、蛋白质等；二次代谢产物是植物在特定条件下产生的，如生物碱、萜类等，通常具有特殊的生理活性。