黄酮类化合物的溶解性与其结构密切相关，不同类型的黄酮类化合物在水和有机溶剂中的溶解情况存在差异。

一般来说，黄酮、黄酮醇、查耳酮等平面性较强的黄酮类化合物，分子排列紧密，分子间引力较大，所以在水中的溶解度较小。例如黄酮和黄酮醇，它们难溶于水、甲醇、乙醇等极性溶剂，而易溶于乙酸乙酯、氯仿等有机溶剂。这是因为其平面结构使得分子间的范德华力较强，水分子难以进入分子间将其溶解。不过，当这些黄酮类化合物的分子中引入羟基后，随着羟基数量的增加，其在水中的溶解度会有所增大，因为羟基能与水分子形成氢键，增强了与水的亲和力。

而二氢黄酮及二氢黄酮醇等非平面性的黄酮类化合物，由于其分子中的吡喃环具有近似于半椅式的结构，使分子的非平面性增加，分子间排列不紧密，分子间引力降低，所以在水中的溶解度比平面性的黄酮类化合物大。它们在甲醇、乙醇、乙酸乙酯等有机溶剂中也有较好的溶解性。

花色素类是以离子形式存在的，具有盐的通性，所以在水中的溶解度较大，可溶于水、甲醇、乙醇等极性溶剂，而难溶于有机溶剂。

此外，黄酮苷类化合物由于分子中引入了糖基，增加了分子的亲水性，所以在水中的溶解度比相应的苷元大，一般易溶于热水、甲醇、乙醇等极性溶剂，而难溶于亲脂性有机溶剂。糖基的数目和连接位置也会影响黄酮苷的溶解性，通常糖基数目越多，在水中的溶解度越大。