由于你没有明确指出具体是哪两类药，下面我以常见的两类药物——抗生素类和非甾体抗炎药为例，来阐述它们作用机制的区别。

抗生素是用于治疗细菌感染的药物，其作用机制主要有以下几种。一是抑制细菌细胞壁的合成，细菌细胞壁对于维持细菌的形态和稳定性至关重要。像青霉素类和头孢菌素类抗生素，它们能与细菌细胞壁合成过程中所需的转肽酶结合，使转肽作用不能进行，从而阻止细胞壁的合成，导致细菌因渗透压不平衡而破裂死亡。二是影响细菌蛋白质的合成，氨基糖苷类、四环素类等抗生素可以作用于细菌核糖体的不同亚基，干扰细菌蛋白质的合成过程，使细菌无法合成正常功能的蛋白质，进而抑制细菌的生长和繁殖。三是影响细菌核酸的代谢，喹诺酮类抗生素能抑制细菌的DNA回旋酶和拓扑异构酶Ⅳ，阻碍细菌DNA的复制和转录，最终达到杀菌的目的。

非甾体抗炎药主要用于抗炎、解热、镇痛。其作用机制主要是抑制体内环氧化酶（COX）的活性。COX有两种同工酶，即COX - 1和COX - 2。COX - 1是一种结构酶，主要存在于血管、胃、肾等组织中，具有保护胃黏膜、调节血小板聚集、维持肾血流量等生理功能。COX - 2是一种诱导酶，在炎症细胞中经刺激而大量产生，它能催化花生四烯酸转化为前列腺素和白三烯等炎性介质，引起炎症反应、发热和疼痛。非甾体抗炎药通过抑制COX的活性，减少前列腺素等炎性介质的合成，从而减轻炎症反应、降低体温、缓解疼痛。传统的非甾体抗炎药对COX - 1和COX - 2没有选择性抑制作用，在发挥抗炎作用的同时，也会抑制COX - 1，从而产生胃肠道不适、肾损害等不良反应。而新型的选择性COX - 2抑制剂则主要抑制COX - 2，对COX - 1的抑制作用较弱，胃肠道不良反应相对较少。

综上所述，抗生素主要是针对细菌的特定结构和代谢过程发挥作用，以杀灭或抑制细菌；而非甾体抗炎药则是通过抑制体内的酶活性，减少炎性介质的合成来发挥抗炎、解热、镇痛的作用，二者作用