甲硝唑抗滴虫的原理主要与其独特的化学结构和作用机制相关。

从化学结构上看，甲硝唑是硝基咪唑类化合物，其分子中含有硝基。当甲硝唑进入被滴虫感染的组织或细胞后，其硝基在无氧环境下，也就是滴虫生存的厌氧环境中，会发生一系列的还原反应。

在作用机制方面，甲硝唑的硝基被还原成一种具有细胞毒作用的基团。滴虫是一种厌氧原虫，主要寄生于人体的泌尿生殖道。它的生存依赖于细胞内一些特定的代谢途径和物质。甲硝唑还原产生的细胞毒基团能够与滴虫细胞内的DNA相互作用，它可以嵌入到DNA的双螺旋结构中，破坏DNA的结构和功能。DNA是生物遗传信息的携带者，对于细胞的生长、繁殖和代谢等重要生命活动起着关键作用。当DNA的结构和功能被破坏后，滴虫的DNA无法正常进行复制、转录等过程，从而导致滴虫的蛋白质合成受阻。蛋白质是细胞执行各种生理功能的重要物质，蛋白质合成受阻会使得滴虫的一系列代谢活动无法正常进行，细胞的生长和繁殖受到抑制。

同时，这种细胞毒基团还会影响滴虫细胞内的一些酶系统，干扰其能量代谢过程。能量代谢是细胞维持生命活动的基础，能量供应不足会进一步削弱滴虫的生存能力，最终导致滴虫死亡，从而达到抗滴虫的治疗效果。而且，甲硝唑对厌氧环境具有选择性，在正常的有氧组织中活性较低，这使得它在发挥抗滴虫作用的同时，对人体正常组织的毒性相对较小。