原虫是单细胞真核动物，其致病机制较为复杂，主要涉及以下几个方面。

首先是原虫对宿主细胞的直接破坏。原虫在宿主体内生长、繁殖和代谢过程中，会对所寄生的细胞造成机械性损伤。例如疟原虫在红细胞内发育，不断摄取血红蛋白作为营养，导致红细胞破裂，大量裂殖子释放到血液中，引起疟疾发作。此外，利什曼原虫无鞭毛体在巨噬细胞内大量繁殖，最终导致巨噬细胞破裂，释放出的原虫又可感染其他巨噬细胞，造成巨噬细胞的持续破坏，影响机体的免疫功能。

其次是毒性作用。原虫的代谢产物、分泌物和死亡虫体的分解产物等具有毒性作用，可对宿主组织和器官产生损害。比如溶组织内阿米巴原虫能分泌蛋白水解酶，溶解破坏肠黏膜和组织，形成溃疡，引起阿米巴痢疾。这些毒性物质还可能进入血液循环，影响其他远处器官的功能，导致全身性症状。

免疫病理损伤也是原虫致病的重要机制之一。一方面，原虫感染可激发宿主的免疫反应，在清除原虫的同时，也可能对自身组织造成损伤。例如疟原虫感染后，机体产生的抗体与疟原虫抗原形成免疫复合物，沉积在肾小球基底膜，可引起免疫复合物型肾小球肾炎。另一方面，有些原虫能够逃避宿主的免疫攻击，如弓形虫可在细胞内寄生，避免被抗体等免疫分子直接作用，从而得以在宿主体内持续存在并不断繁殖，导致慢性感染和长期的病理损害。

此外，原虫感染还可能影响宿主的营养状况。一些肠道原虫，如贾第虫，可大量寄生在小肠，影响肠道的消化和吸收功能，导致宿主出现腹泻、营养不良等症状。原虫感染还可能干扰宿主的内分泌系统和神经系统等，进一步影响机体的正常生理功能。总之，原虫致病是多种因素共同作用的结果，其机制的复杂性增加了对原虫病防治的难度。