游离黄酮类化合物一般难溶或不溶于水,而易溶于甲醇、乙醇、乙酸乙酯、氯仿等有机溶剂。这是因为游离黄酮具有较大的共轭体系和相对较强的分子间作用力,水分子难以克服这些作用力使其溶解。但由于结构的差异,其溶解性也存在一定差别。例如,黄酮、黄酮醇、查耳酮等平面性强的分子,因分子排列紧密,分子间引力较大,更难溶于水;而二氢黄酮及二氢黄酮醇等,因分子中的 C 环具有近似于半椅式的结构,分子不是平面结构,分子间排列不紧密,分子间引力降低,有利于水分子进入,故在水中溶解度稍大。花色素类是以离子形式存在的,具有盐的通性,所以亲水性较强,在水中的溶解度较大,可溶于水、甲醇、乙醇等极性较大的溶剂。