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氰化物可经由口服、吸入及皮肤黏膜被吸收到体内。氰化物由於可以抑制多种酶，被吸收後和细胞中线粒体上细胞色素氧化酶三价铁离子产生络合物，抑制细胞氧化磷酸化作用，阻断能量ATP的生成，并使得细胞缺氧窒息。

一般而言，对於微量的氰化物人体可藉由与变性血红素作用，而不是与色素氧化酶结合的方式，而达到排除毒性的效果。而氰化变性血红素之後与一种硫化物转移酶-硫氰酸生成酶作用，形成硫氰化铵错合物。硫氰化铵由肾脏排泄（也就是由尿液排出）。当过多的氰化物进入人体，前述反应机制无法负荷，因而产生毒性。