缺血性卒中抗凝治疗的目的主要是预防早期复发、血栓进展及预防远端小血管堵塞继发血栓形成，促进侧枝循环。目前用于临床的抗凝药物主要包括间接凝血酶抑制剂如华法林、肝素和低分子量肝素等，这类药物主要通过与抗凝血酶结合使凝血酶灭活或抑制凝血酶的生成。还有一种直接凝血酶抑制剂，这类药物直接作用于凝血酶，抑制其活性，一价直接凝血酶抑制剂只作用于凝血酶的活性部位，如阿加曲班，二价直接凝血酶抑制剂同时作用于凝血酶的活性部位和底物识别部位，如重组水蛭素和比伐卢定。
由于抗凝药物都存在一定的出血风险，所以临床上要规范使用，而且各国指南也对抗凝药物的使用进行了推荐。
2007年美国成人缺血性卒中早期治疗指南指出：①不建议急性期应用抗凝药物来预防卒中早期复发或改善神经功能和预后；②考虑到严重的颅内出血并发症，中重度卒中患者不建议紧急抗凝治疗；③不建议静脉重组组织纤溶酶原激活剂（rtPA）治疗24小时内开始抗凝治疗。
2005年中国脑血管病防治指南对缺血性卒中抗凝治疗建议：①一般急性缺血性卒中患者不推荐常规使用抗凝剂；②使用溶栓治疗的患者，一般不推荐在24小时内使用抗凝剂。
中美指南对抗凝治疗的意见均来自肝素或低分子量肝素治疗急性缺血性卒中的临床研究证据，两国指南都不推荐急性期采用肝素或低分子量肝素抗凝治疗，主要是基于：①低或中等剂量普通肝素皮下注射治疗急性缺血性卒中的随机对照试验（IST）显示，虽然肝素可降低卒中的早期复发率，但出血风险也同时增加；②国外一些研究对低分子量肝素治疗缺血性卒中疗效的评价不一；③美国的TOAST试验显示类肝素不降低卒中复发率，也不缓解病情进展；④静脉溶栓后使用肝素，可增加血管再通率，但出血并发症也增加。
日本卒中学会和日本5家学会联合制定的卒中治疗指导方针中关于抗凝治疗的建议：①对发病48小时内的脑梗死可以考虑使用肝素，但无充分科学依据；②在脑梗死急性期可以考虑使用低分子量肝素（医疗保险范围外）、肝素类似物（医疗保险范围外），但无充分科学依据；③对发病48小时内、病变最大直径可能超过1.5cm的脑梗死，推荐选择性抗凝血酶药物阿加曲班。
