目前适于外科治疗的十二指肠溃疡仅限于：①非单纯性十二指肠溃疡，即并有各种严重合并症的十二指肠溃疡，包括急性穿孔、急性大出血和瘢痕性幽门梗阻。②经内科治疗无效的十二指肠溃疡，即所谓顽固性溃疡。内科治疗无效一般指应用包括抑酸药和抗HP药在内的正规治疗三个疗程后，胃镜复查溃疡仍未愈合的病人。顽固性溃疡多数为直径大于2cm或穿透肠壁并与胰腺、胆道等周围组织广泛愈着的溃疡、形成较多瘢痕的胼胝性溃疡和十二指肠球后溃疡。如前所述，由于药物治疗的有效性，这种顽固性十二指肠溃疡已不多见。因此，治疗效果不佳时除应考虑顽固性溃疡的可能外，还应注意除外有无其它上腹部疾腐及胰源性因素等。③其它。对于溃疡病史长，症状渐趋加重，发作频繁，每次发作持续时间长，疼痛剧烈，影响身体营养及正常生活与工作者；经胃镜或X线钡餐检查发现溃疡深大、十二指肠球部严重变形或溃疡位于十二指肠球后以及穿透肠壁者；曾有过十二指肠溃疡穿孔或反复大出血的病史，而溃疡仍在活动，有再发急性合并症可能的病人也应考虑手术治疗。
需要强调的是十二指肠溃疡不仅仅是一个局部疾病，手术治疗也并不是非常理想的治疗方法，其本身就具有一定的风险，且术后常有后遗症状，乃至溃疡复发，因此一般的轻症病人不是手术的适应证。手术方式应首选胃大部切除术和高选择性迷走神经切断术。
