根据感染来源不同，医院感染分为：
1、内源性感染（自身感染）：指免疫机能低下病人由自身正常菌群引起的感染。即病人在发生医院感染之前已是病原携带者，当机体抵抗力降低时引起自身感染。
2、外源性感染：指由环境或他人处带来的外袭菌群引起的感染。
外源性感染又包括交叉感染和环境感染。交叉感染，是指在医院内或他人处（病人、带菌者、工作人员、探视者、陪护者）获得而引起的直接感染。环境感染，是由污染的环境（空气、水、医疗用具及其它物品）造成的感染。如由于手术室、空气污染造成病人术后切口感染，注射器灭菌不严格引起的乙型肝炎流行等。
