医院感染中常见的病原体通常可分为细菌、病毒、真菌、肺孢子虫、弓形虫、衣原体和疟原虫等，其中以各种细菌最为常见，占95％以上。所以，有人常把病原微生物笼统地称为病原菌或致病菌。
1.大部分为人体正常菌群的转移菌或条件致病茵 对某些环境有特殊的适应性。例如表皮葡萄球菌和不动杆菌，可黏附于塑料表面，一旦静脉或动脉插入塑料管被它们污染，就很容易引起败血症；大肠杆菌能黏附在泌尿道的上皮细胞上，从而成为泌尿道感染的主要病原菌。
2.常为多重耐药菌株 对抗生素有较强和较广的耐药性。实验报告一再证明，同一种细菌，在医院外和医院内分离出的菌株，具有不同的耐药性，即后者的耐药性比前者更强、更广。
3.常侵犯免疫功能低下的宿主 因此判断病原菌的种类往往比较困难。医院感染主要受害者是病人，而工作人员却很少受害。这里主要有两个原因：首先，病人通常抵抗力弱，对细菌较敏感；其次，病人往往接受过某些侵入性诊断或治疗，而这类操作常给细菌造成入侵之机，极易导致发生医院感染。
