根据结、直肠息肉的大小、多少、有无并发症和病理性质决定治疗方案。
1.小息肉一般在行结肠镜检查时予以摘除并送病检。
2.直径大于2cm的非腺瘤性息肉可采用结肠镜下分块切除。直径大于2cm的腺瘤，尤其是绒毛状腺瘤应手术切除：腹膜返折以下的经肛门局部切除，腹膜返折以上的应开腹切除或在腹腔镜下手术切除。
3.病理检查若腺瘤癌变穿透粘膜肌层或浸润粘膜下层则属浸润性癌，应按结、直肠癌治疗原则处理。腺瘤恶变若未穿透粘膜肌层、未侵犯小血管和淋巴、分化程度较好、切缘无残留，摘除后不必再作外科手术，但应密切观察。
家族性腺瘤性息肉病如不治疗，最终可发生癌变，因此应尽可能在青春期内确诊并接受根治性手术。最彻底的手术方式是结肠、直肠中上段切除，下段粘膜剥除，经直肠肌鞘行回肠肛管吻合术。
黑斑息肉病的息肉多发并散在，为多发性肠道错构瘤，一般不癌变，难以全部切除。无症状可作随访观察，若有症状可行息肉切除术或肠段切除术。
炎性息肉以治疗原发肠道疾病为主，炎症刺激消退后，息肉可自行消失；增生性息肉症状不明显，无需特殊治疗。
