任何致病菌均可引起尿路感染，绝大多数革兰阴性杆菌，如大肠杆菌、副大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、产气杆菌等。急性与无并发症的尿路感染，约85％为大肠杆菌引起。球菌感染较少见，如葡萄球菌及粪链球菌等，主要为凝固酶阴性的白色葡萄球菌或称腐生葡萄球菌，过去认为这类细菌为非致病菌。
由于广谱抗生素的广泛应用，霉菌性尿路感染的发病率日益增加，应引起注意。病毒也可能造成泌尿系感染，如腺病毒在男孩中可引起出血性膀胱炎。淋菌性尿道炎是世界性广为流行的性传染病，目前在我国有蔓延之趋势。由衣原体引起的非淋菌性尿道炎也是性传染病，60年代中期以来在欧美各国不断扩大流行，最近在我国也有发现。
