1.非手术治疗：临床最常使用的为灌肠复位法。婴儿急性肠套迭，早期可应用空气或氧气及钡剂灌肠法促使已套迭的肠管复位。开始用低压灌肠法，灌肠筒内钡剂液平面一般放在高出于体位水平线80～90厘米，缓缓注入，注入压力最高不应超过130厘米水柱。
但发病已超过48小时，疑有肠坏死者或一般情况较差的病儿，不宜采用此法。
2.手术治疗：肠套迭晚期或经钡灌肠复位无效者，均应采取手术疗法进行复位，避免延误时机，造成肠坏死或穿孔。术中发现肠套迭部位后，可轻轻地、反复地由肠套迭远端向近端挤压推出。切忌牵拉套迭肠管以免撕裂。
晚期肠套迭，常因肠管水肿不易复位，甚至有部分发生坏死，可将坏死部分切除，然后作肠吻合术。
成人的肠套迭，由于肠道常同时存在肿瘤，息肉、憩室等病变，一般宜采用手术治疗，切除病变后作肠吻合术。
