鉴别诊断需考虑下列有关疾病：
1 .克罗恩（Crohn）病回盲部克罗恩病的临床表现、X 线及内镜所见与肠结核酷似，鉴别非常困难。鉴别要点包括：① 无肠外结核证据；② 有缓解与复发倾向，病程一般更长；③ X 线发现病变虽以回肠末段为主，但可有其他肠段受累，并呈节段性分布；④ 更多并发瘩管或肛门直肠周围病变；⑤ 抗结核药物治疗无效；⑥ 临床鉴别诊断有困难而行剖腹探查者，切除标本及周围肠系膜淋巴结均无结核证据，具有肉芽肿病变而无干酪样坏死，镜检与动物接种均无结核分枝杆菌发现。
2 .右侧结肠癌 本病比肠结核发病年龄大，常在40 岁以上。一般无发热、盗汗等结核毒血症表现。X 线检查主要见钡剂充盈缺损，病变局限在结肠。结肠镜检查及活检可确定结肠癌诊断。
3 .阿米巴病或血吸虫病性肉芽肿 既往有相应感染史。脓血便常见。粪便常规或孵化检查发现有关病原体。结肠镜检查多有助鉴别诊断。相应特效治疗有效。
4 .其他 肠结核有时还应与肠恶性淋巴瘤、耶尔森菌肠炎及一些少见的感染性肠病如非典型分枝杆菌（多见于艾滋病患者）、性病性淋巴肉芽肿、梅毒侵犯肠道、肠放线菌病等鉴别。以发热为主要表现者需与伤寒等长期发热性疾病鉴别。
