MRI诊断已广泛应用于临床，在神经系统应用较为成熟。三维成像使病变定位诊断更为准确，血管成像则可观察病变与血管的关系。对脑干、幕下区、枕大孔 区、脊髓与椎间盘的显示明显优于CT.对头颈部疾病的诊断帮助也很大。水成像技术使膜迷路显示清晰，从而对内耳前庭、耳蜗及半规管显示清晰，有助于先天发 育异常的诊断。心脏大血管在MRI上因可显示其内腔，所以，心脏及大血管的形态学与动力学的研究可在无创的检查中完成。MRI在显示骨骼和胃肠方面有一定 限制，胃肠方面以钡餐检查为主要手段。
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