外果皮
与叶的下表皮相当。通常为一列表皮细胞，外被角质层。表皮细胞有时有附属物存在，如具有毛茸，多数为非腺毛，少数具腺毛，如吴茱萸；也有的具腺鳞，如蔓荆子。偶有气孔存在。有时其表皮细胞中含有色物质或色素，如川花椒；有时在表皮细胞间嵌有油胞细，如五味子。
中果皮
与叶肉组织相当，通常较厚，大多由薄壁细胞组成，细胞中有时含淀粉粒，如五味子。在中部有细小的维管束散在，有时可能有石细胞、油细胞、油室或油管等存在。例如毕澄茄的中果皮内部有石细胞与油细胞分布；茴香的中果皮内可见油管。
内果皮
与叶的上表皮相当，是果皮的最内层组织，大多由1列薄壁细胞组成。也有的内果皮细胞全为石细胞，如胡椒。有些核果的内果皮，则由多层石细胞组成。有的以5～8个狭长的薄壁细胞互相并列为一群，各群以斜角联合呈镶嵌状，称为“镶嵌细胞”（为伞形科植物果实的共同特征）。
含有种子的果实，还应取出种子进行观察，其鉴别方法见种子类中药项下。
