小肠活检和十二指肠吸引术被用于支持，确证或排除小肠的炎症性和器质性疾病（如口炎性腹泻，Whipple病，兰氏贾第鞭毛虫感染）。适应证是不能控制的凝血障碍性疾病。
将带有Carey囊的导管润滑后，置于患者口咽部，嘱其咽下。当导管进入胃腔后，在X线透视指引下将导管推进并通过幽门抵达十二指肠的第三或第四部分，启动抽吸口，用注射器抽吸形成负压并吸取活检组织，当肠粘膜被吸进导管或囊内后由操作者启动活检钳切下。抽吸十二指肠内容物用于诊断兰氏贾第鞭毛虫感染。偶可发生出血，导管陷入十二指肠内，菌血症，导管安置中的液体或汞吸入。由于内镜下更易获得较小但满意的活检组织，故该法已被内镜下活检所代替。
