小儿腹泻病因较为复杂，主要分为感染性和非感染性两大类。

感染性因素方面，肠道内感染是常见原因。病毒感染中，轮状病毒是引起秋冬季小儿腹泻的主要病原体，它通过粪 - 口途径传播，侵袭肠道后破坏肠黏膜，导致肠液分泌增加、吸收减少而引起腹泻。诺如病毒也是引发小儿腹泻的重要病毒，常在集体场所如幼儿园等引起暴发流行。细菌感染中，大肠杆菌较为常见，致病性大肠杆菌可黏附并侵入肠黏膜上皮细胞，产生毒素，导致肠道功能紊乱。沙门菌也能引起小儿腹泻，通常是由于食用了被污染的食物，如肉类、蛋类等。此外，真菌和寄生虫感染也可能导致小儿腹泻，不过相对较少见，如白色念珠菌感染多发生在使用大量抗生素或机体免疫力低下时。

非感染性因素也不容忽视。饮食因素上，喂养不当是常见情况，如喂养不定时、量过多或过少，突然改变食物品种等，都可能导致小儿消化系统不能适应，引起消化功能紊乱而腹泻。对牛奶、大豆等食物过敏也会引发腹泻，这是因为小儿肠道免疫系统对这些食物中的蛋白质产生过敏反应。气候因素也有影响，天气突然变化，腹部受凉使肠蠕动增加；天气过热导致消化液分泌减少，都可能诱发小儿腹泻。另外，小儿自身消化系统发育尚未成熟，胃酸和消化酶分泌较少，消化酶的活性较低，对食物的耐受力差，也容易出现腹泻情况。同时，当小儿患有其他全身性疾病时，如肺炎、中耳炎等，也可能由于发热及病原体毒素作用，使消化功能紊乱而出现腹泻。