小儿佝偻病主要缺乏的是维生素D。维生素D在人体中起着至关重要的作用，尤其是对于小儿的生长发育。

维生素D对于钙、磷的代谢和骨骼的生长发育有着关键的调节作用。小儿生长发育迅速，骨骼的生长需要大量的钙和磷等矿物质沉积。而维生素D可以促进肠道对钙、磷的吸收，提高血钙和血磷的水平，为骨骼的矿化提供充足的原料。同时，它还能促进肾小管对钙、磷的重吸收，减少钙、磷的丢失。

当小儿体内缺乏维生素D时，肠道对钙、磷的吸收减少，血钙和血磷水平下降。机体为了维持血钙的正常水平，会通过甲状旁腺素的作用，使骨钙释放入血，导致骨钙减少。这就会影响骨骼的正常生长和发育，出现一系列佝偻病的表现。

在初期，小儿可能会出现神经兴奋性增高的症状，如易激惹、烦躁、睡眠不安、多汗等，由于多汗刺激头皮，小儿会经常摇头擦枕，导致枕秃。随着病情的进展，进入激期，骨骼会发生明显的改变。头部可能会出现颅骨软化，按压时感觉像乒乓球一样；方颅，头颅呈方形；前囟增大及闭合延迟等。胸部可出现肋骨串珠、鸡胸或漏斗胸等。四肢会有手镯、脚镯征，下肢会出现“O”形腿或“X”形腿等。

小儿佝偻病主要是由于维生素D缺乏引起的钙、磷代谢紊乱和骨骼发育异常的疾病。预防和治疗小儿佝偻病，关键在于补充足够的维生素D，同时适当补充钙剂，多晒太阳，以促进小儿骨骼的健康发育。