巨幼细胞贫血主要是由于脱氧核糖核酸（DNA）合成障碍所引起的一种贫血，主要病因包括以下几个方面。

首先是叶酸缺乏。摄入不足是常见原因之一，比如长期食物中缺乏新鲜蔬菜，过度烹煮或腌制食物会使叶酸大量破坏。一些特殊人群，如婴幼儿未及时添加富含叶酸的辅食，青少年、孕妇、哺乳期女性对叶酸需求增加，若补充不足就容易发病。吸收不良也会导致叶酸缺乏，像小肠疾病，如小肠切除术后、热带口炎性腹泻等，会影响叶酸在肠道的吸收。还有药物影响，某些药物如甲氨蝶呤、乙胺嘧啶等可以抑制二氢叶酸还原酶的作用，干扰叶酸的代谢。同时，叶酸丢失增加，如血液透析、酗酒等也会使叶酸丢失过多。

其次是维生素B12缺乏。摄入减少主要见于严格素食者，因为维生素B12主要存在于动物性食物中。内因子缺乏是重要原因，恶性贫血患者体内有抗内因子抗体，会破坏内因子，胃大部切除术后内因子分泌减少也会影响维生素B12的吸收。肠道疾病如回肠切除术后、克罗恩病等会影响维生素B12的吸收。此外，某些寄生虫或细菌会竞争摄取维生素B12，导致人体可利用的维生素B12减少。

另外，某些先天性酶缺陷也可能导致巨幼细胞贫血，比如缺乏N5 -甲基四氢叶酸转甲基酶等，会影响叶酸和维生素B12的代谢过程，进而引发疾病。总之，巨幼细胞贫血的病因较为复杂，涉及多种因素，在临床诊断和治疗时需要综合考虑。