小儿维生素D缺乏性手足搐搦症主要是由于维生素D缺乏，导致血钙降低，神经肌肉兴奋性增高，从而出现惊厥、手足肌肉抽搐或喉痉挛等症状。以下详细阐述其病因。

维生素D缺乏是最根本的原因。维生素D可以促进肠道对钙、磷的吸收，增加肾小管对钙、磷的重吸收，并能促进旧骨脱钙使钙盐溶解，增加细胞外液钙磷的浓度。当维生素D缺乏时，钙的吸收减少，血钙水平下降。

甲状旁腺功能代偿不足也起着关键作用。正常情况下，当血钙降低时，甲状旁腺会分泌甲状旁腺素，它能促进破骨细胞的活动，使骨钙溶解入血，同时促进肾小管对钙的重吸收，以维持血钙的正常水平。但在维生素D缺乏早期，甲状旁腺反应迟钝，不能及时分泌足够的甲状旁腺素，导致血钙进一步降低。当血钙低于一定水平时，神经肌肉的兴奋性就会增高，从而引发症状。

另外，一些诱发因素也会促使本病发作。比如春季日照增多，或开始使用维生素D治疗时，体内维生素D水平突然升高，大量钙沉积于骨，使血钙暂时下降；还有在发热、感染、饥饿时，组织细胞分解释放磷，使血磷升高，血钙降低。同时，人工喂养儿食用含磷过高的奶制品，会使钙磷比例失调，影响钙的吸收，也容易导致血钙降低。

综上所述，维生素D缺乏、甲状旁腺功能代偿不足以及各种诱发因素共同作用，导致了小儿维生素D缺乏性手足搐搦症的发生。