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急性扁桃体炎常为病毒和细菌共同侵犯。通常，学龄前儿童易患病毒性扁桃体炎，较大的孩子和成人易患细菌性扁桃体炎。病毒感染能导致继发性细菌感染。许多感染上呼吸道的病毒(如流感病毒，副流感病毒，鼻病毒)也常导致病毒性扁桃体炎。最常见的细菌感染是beta-溶血性链球菌、肺炎球菌及葡萄球菌等。
过去，更多严重的细菌感染能引起扁桃体感染，包括白喉和腥红热。随着免疫制剂和抗生素的发展，这类细菌已经变少了。在单核细胞增多的患者扁桃体也可增大。
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